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    ChIP-Seq對樣品有哪些要求?

    發布時間:2022-03-17   點擊次數:89次
      染色質免疫共沉淀測序(ChIP-Seq)是指對染色質免疫共沉淀(ChIP)獲得的DNA的片段進行大規模測序,并能把所研究蛋白的DNA結合位點精確定位到基因組上。
      RocheGSFLXTitanium、IlluminaHiseq2000和ABSOLID4這3種測序技術均可以用于ChIP-seq,其中采用IlluminaHiseq2000進行ChIP-Seq已有較多文獻報道。
      ChIP-Seq技術高質量、高通量、低成本的數據產出,為表觀遺傳組學研究奠定了技術基礎。研究者可以在以下幾方面展開研究:
     ?。?)判斷DNA鏈的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾;
     ?。?)檢測RNApolymeraseII及其它反式因子在基因組上結合位點的精確定位;
     ?。?)研究組蛋白共價修飾與基因表達的關系;
     ?。?)CTCF轉錄因子研究。
      ChIP-Seq有什么樣品要求?
     ?。?)請提供濃度≥10ng/ul、總量≥20ng、OD260/280為1.8~2.2的DNA樣品;若單次ChIP后DNA量不夠,建議將2~3次ChIP的DNA合并在一起。
     ?。?)請提供DNA打斷時檢測膠圖,要求打斷后DNA電泳主帶在100-500bp范圍內;請對于ChIP獲得DNA設計引物進行QPCR驗證和定量,能夠提供檢測位點的檢測報告。附陽性和陰性對照。
     ?。?)樣品請置于1.5ml管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口。在運輸前將所有樣品管固定于50ml帶蓋離心管中,再將50ml管放在封口袋中。為了防止低濃度樣品黏附在離心管壁上,請使用non-sticktube運輸DNA;建議使用冰袋運輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運輸過程中樣品降解的可能性。

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